根据《最高人民法院关于审理人民法院国家赔偿确认案件若干问题的规定(试行)》(2004年8月10日发布，2004年10月1日起施行)规定，人民法院实施侵权行为的确认程序中的主要问题是：
1、管辖。申请确认由作出司法行为的人民法院受理，但申请确认基层人民法院司法行为违法的案件，由中级人民法院受理。
2、立案。人民法院受理确认申请的一般条件是：(1)确认申请人应当具有国家赔偿法第18条规定的国家赔偿请求人资格；(2)有具体的确认请求和损害事实、理由；(3)确认申请人申请确认应当在司法行为发生或者知道、应当知道司法行为发生之日起2年内提出；(4)属于受理确认申请的人民法院管辖。
具有下列情形之一的确认申请，不予受理：(1)依法应当通过审判监督程序提出申诉或者申请再审的；(2)申请事项属于司法机关已经立案正在查处的；(3)人民法院工作人员的行为与行使职权无关的；(4)属于民事诉讼法第214条规定情形的；(5)依法不属于确认范围的其他情形。
人民法院应当在收到确认申请之日起7日内决定是否立案。审查立案时，发现缺少相关证据的，可以通知确认申请人7日内予以补充。
确认申请人对不予受理决定不服的，可以在收到不予受理决定书之日起15日内，向上一级人民法院申请复议。上一级人民法院应当在收到复议申请之日起30日内作出是否受理的决定。
3、审理。主要规则是：
(1)合议庭。人民法院审理确认案件应当组成合议庭。
(2)审理方式。合议庭决定进行书面审理或者进行听证。上级人民法院审理确认案件举行听证的，下级人民法院应当参加听证。确认申请人无正当理由不参加听证的，视为撤回确认申请。原作出司法行为的人民法院有义务对其行为的合法性作出说明。
(3)期限。人民法院审理确认案件，应当自送达受理通知书之日起6个月内作出裁定。需要延长期限的，报请本院院长批准可以延期3个月。
4、裁定。人民法院确认或者不予确认违法行使职权的，应当制作裁定书。确认违法的，应同时撤销原违法裁决。人民法院对本院司法行为是否违法作出的裁定书由院长署名；上级人民法院对下级人民法院司法行为是否违法作出的裁定书由合议庭署名。
5、申诉。人民法院受理确认申请后，超过审理期限未作出裁决的，申请人可以在期满后30日内向上一级人民法院提出书面申诉。上一级人民法院应当在收到确认申诉书之日起3个月内指令下级人民法院限期作出裁定或者自行审理。自行审理需要延长期限的，报请本院院长批准可以延期3个月。
最高人民法院对各级人民法院、上级人民法院对下级人民法院作出的确认裁定认为确有错误的，可以直接作出确认，也可以指令下级人民法院或者其他同级人民法院重新确认。
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